Exom-Diagnostik

Exom-Sequenzierung / Whole-Exome Sequencing (WES)

Als Exom bezeichnet man die Gesamtheit aller proteinkodierenden Regionen (Exons) der mehr als 22.000 Gene im menschlichen Genom. Es umfasst weniger als 2 % des gesamten Genoms, jedoch finden sich im Exom etwa 85 % der bekannten krankheitsverursachenden Varianten.

Die Analyse des Exoms erfolgt mittels „Whole-Exome Sequencing (WES)“. Im Rahmen dieser Sequenzierung werden nicht nur das Exom, sondern auch das mitochondriale Genom (mtDNA) sowie pathogene intronische und regulatorische Varianten der Klasse 4 und Klasse 5 (HGMD-Professional und ClinVar-Annotation) ausgewertet, was die diagnostische Sensitivität der Analyse deutlich erhöht. Die Liste dieser zusätzlich analysierten Varianten wird regelmäßig aktualisiert.

Nur ein kleiner Teil der bei einer Exom-Analyse detektierten ca. 60.000 Varianten ist krankheitsrelevant. Um diese zu identifizieren, werden die genetischen Varianten, basierend auf der Populationsfrequenz, der aktuellen Literatur, dem möglichen Einfluss auf die Proteinfunktion und nach dem Vererbungsmodus, gefiltert, wobei der Schwerpunkt der Filtrierung auf den klinischen Angaben zum Index-Patienten liegt.

Für die Filtrierung von Varianten anhand des klinischen Phänotyps eines Patienten ist es notwendig, dessen Krankheitssymptome umfassend und detailliert zu beschreiben. Mithilfe der Angabe der klinischen Patienten-Informationen in Form von standardisierten Begriffen, sogenannten „HPO-Terms“ (Human Phenotype Ontology), kann die Varianten-Filtrierung zielgerichtet durchgeführt werden (Human Phenotype Ontology: hpo.jax.org/app/). Auch im anschließenden Exom-Befundbericht werden in der Regel nur jene Varianten angegeben, die mit den klinischen Angaben des Patienten übereinstimmen.

Eine Exom-Analyse stellt eine umfassende genetische Analyse dar. Daher wird in der Einverständniserklärung des Patienten u. a. detailliert auf die Thematik möglicher Zusatzbefunde, Aufbewahrungsfristen oder die Bereitstellung von Proben zu Kontroll- und Qualitätssicherungszwecken eingegangen.

Akkreditiertes Verfahren: ja

Download:Formulare zur Probeneinsendung

Methodik

Mittels Next-Generation-Sequencing (NGS) werden Gene, die dem klinischen Phänotyp des Patienten entsprechen, in Bezug auf Einzelnukleotidvarianten (Single Nucleotide Variants (SNVs)) und Exon-übergreifender Kopienzahlvarianten (Copy Number Variations (CNVs)) analysiert.

Als Bestätigungsanalyse der nachgewiesenen Varianten kann ggf. eine Sanger-Sequenzanalyse bzw. eine MLPA-Analyse (Multiplex-Ligation-dependent-Product-Amplification) durchgeführt werden.

Diagnostik

• Solo-Exom-Diagnostik:

DNA-Analyse des Index-Patienten

• Duo-Exom-Diagnostik:

DNA-Analyse des Index-Patienten und eines weiteren Familienmitgliedes

• Trio-Exom-Diagnostik:

DNA-Analyse des Index-Patienten und i. d. R. den Eltern des Index-Patienten

• Familien-Exom-Diagnostik:

DNA-Analyse des Index-Patienten und weiterer Familienmitglieder

Material

3 - 5 ml EDTA-Blut

Dauer

2 - 3 Monate

2 Wochen für pränatale bzw. eilige Fälle (z. B. schwer betroffener Index-Patient bzw. dessen Verwandte, Gravidität der Mutter des Index-Patienten)

Kosten

Die Kosten werden bei bestehender medizinischer Indikation über einen Überweisungsschein Typ 10 (EBM) abgerechnet. Humangenetische Leistungen sind nicht budgetrelevant.

Für privatversicherte Patienten sowie private Kostenträger (Krankenhäuser etc.) können auf Wunsch entsprechende Kostenvoranschläge erstellt werden.

^{Stand: 19.12.2023}